Computational modeling of cyanobacterial cells in natural and controlled environments

Publications

Journals

Červený J., Sinetova M.A., Zavřel T. and Los D.A.

2015. Life 5(1): 676-699

Zavřel T., Sinetová M.A., Búzová D., Literáková P. and Červený J.

2015. Eng Life Sci 15: 122 – 132
Valledor L., Recuenco-Munoz L., Wienkoop S., Weckwerth W., Fuhurashi T.
2014. Biotechnology for Biofuels 7:171

Valledor L., Escandón M., Meijón M., Nukarinen E., Cañal M.J., Weckwerth W.

2014. Plant J 79(1):173-80

Müller S., Regensburger G., Steuer R.

2014. Journal of Theoretical Biology 347:182-190.

Česka M, Šafránek D, Dražan S, Brim L

2014. PLoS ONE 9(4): e94553.

Gottstein W., Müller S., Herzel H. and Steuer R.

2014. Biosystems 117:68-76.

L. Brim, P. Dluhoš, D. Šafránek, T. Vejpustek

Information and Computation, Volume 236, August 2014, Pages 52-67.

Lehmann R., Machné R, Georg J., Benary B., Axmann I.M. and Steuer R.

2013. BMC Bioinformatics 14: 133-148

Knoop H., Gründel M., Zilliges Y., Lehmann R., Hoffmann S., Lockau W. and Steuer R.

2013. PLoS Comput Biol 9(6): e1003081

Klement M., Šafránek D., Děd T., Pejznoch A., Nedbal L., Steuer R., Červený J., Müller S.

2013. Electronic Notes in Theoretical Computer Science 299:61-67.

Červený J., Sinetova M.A., Valledor L., Sherman L.A. and Nedbal L.

2013. Proc Natl Acad Sci 110 (32): 13210–5

Brim L, Děd V and Šafránek D

In Proceedings of the International Workshop on Biological Processes and Petri Nets (BioPPN@Petri Nets), CEUR Workshop Proceedings,Vol. 988, pp. 17--29, 2013.

Steuer R., Knoop H. and Machne R.

2012. J Exp Bot 63 (6): 2259-2274

Sinetova M.A., Červený J., Zavřel T. and Nedbal L.

2012. J Biotechnol 162 (1): 148-55

Müller S., Murray D.B., Machne R.

2012. Biotech Bioeng 109 (12): 2997–3006

Kämäräinen J., Knoop H., Stanford N.J., Guerrero F., Akhtar M.K., Aro E.M., Steuer R., Jones P.R.

2012. J Biotechnol 162 (1): 67-74

Šafránek D., Červený J., Klement M., Pospíšilová J., Brim L., Lazár D. and Nedbal, L.

2011. BioSystems 103: 115-124

Nedbal L., Červený J., Keren N. and Kaplan A.

2010. J Ind Microbiol Biotechnol 37:1319–1326

Nedbal L., Trtílek M., Červený J., Komárek O. and Pakrasi H.

2008. Biotech Bioeng 100: 902-910

Books

Rodríguez J.L., Pascual J., Viejo M., Valledor L., Meijón M., Hasbún R., Yagüe N., Santamaría M.E., Perez M., Fraga M.F., Berdasco M., Rodriguez R. and Cańal M.J.

2012. In: Plant Cell Culture Protocols, Methods in Molecular Biology. Humana Press, pp 325-341

Fišer J., Červený J., Zítek P.

2010. In: Modeling Simulation and Optimization - Focus on Applications. InTech, pp 105-119

Nedbal L.Červený J., Schmidt H

2009. In: Photosynthesis in silico. Springer Netherlands, pp 17–29

Group conference

Zavřel T., Sinetova M. A., Červený J., Nedbal L.
2012. Algaeneers, Wageningen

Steuer R., Nedbal L., Šafránek D., Valledor L., Červený J., Whitmarsh J.

2012. ISPP, Porto

Group other

Červený J.

2013. CzechGlobe Newsletter 2: 2-3
Funding support:
Partners:
This website is an output of EC OP project financed from EU with the support of MEYS CR: Local Team and International Consortium for Computational Modelling of a Cyanobacterial Cell, Reg. No. CZ.1.07/2.3.00/20.0256 and CzechGlobe – Centre for Global Climate Change Impacts Studies (project Reg. No. CZ.1.05/ 1.1.00/02.0073).
Copyright CyanoTeam.org, 2012